Bio-informaticus

Dutch

BPRC is een wetenschappelijk instituut dat onderzoek verricht met als doel een bijdrage te leveren aan de ontwikkeling van nieuwe medicijnen voor levensbedreigende ziektes in de mens en alternatieven voor dierproeven. Op onze website is te lezen welke onderwerpen onze speciale aandacht hebben en hoe wij ons onderzoek verrichten.

Wij hebben binnen BPRC ruimte voor een

Bio-informaticus

We zoeken een Bio-informaticus die het team van onze afdeling Comparative Genetics & Refinement komt versterken. Dit team brengt complexe genomische regio’s van het immuunsysteem in kaart in het kader van verfijning van biomedische modellen. Daarnaast zul je ook op diverse gebieden samenwerken met onderzoekers op andere afdelingen, en binnen het dwarsverband Alternatieven en Proefdiervrije technieken.

De snelle ontwikkeling van sequencing platforms en andere wetenschappelijke technologieën zorgt voor een zeer grote productie van ruwe data. Om biologische vragen te doorgronden vanuit grote NGS datasets is een gestroomlijnde analyse nodig. Toegepaste scripts en pipelines zijn hierbij vereist om de juiste conclusies te kunnen trekken, en deze te verwerken in tekst en figuur.
Het beleid van BPRC richt zich op kwaliteit en duurzame excellentie, waarbij het gebruik van proefdieren zo veel mogelijk wordt beperkt. Dit vraagt om een efficiënte manier van dataverwerking om zoveel mogelijk informatie te halen uit de verkregen ruwe data. Daarmee zul je als bio-informaticus bijdragen aan de verfijning van ons onderzoek.

Je zal o.a. de volgende werkzaamheden in je pakket hebben
  • Het analyseren, verwerken en efficiënt opslaan van grote NGS datasets;
  • Het ontwikkelen en implementeren van de benodigde hardware en software voor de data-analyse, waar nodig in samenspraak met de IT-afdeling;
  • Het vertalen en visualiseren van deze grote datasets in ‘state of the art’ figuren;
  • Het bijdragen aan de ontwikkeling van afdelingsmedewerkers door hen in te werken op de beschikbare software tools;
  • Het meewerken aan alle facetten van het onderzoek en je zal met jouw gedegen kennis en eigen ideeën projecten vormgeven en uitvoeren. Dit gebeurt in samenwerking binnen de afdeling én met verschillende andere disciplines van BPRC, zoals veterinaire geneeskunde, radiologie en pathologie;
  • Uit de aard van dit werk, zal je ook verantwoordelijk zijn voor wetenschappelijke rapportage en publicatie van de onderzoeksgegevens in samenwerking met collega’s.
Wat we je bieden

Een zelfstandige en veelzijdige plek in een uitdagende omgeving met een diversiteit aan fijne collega’s.

Wil je solliciteren?

Ben je geïnteresseerd in deze functie? Dan ontvangen wij graag jouw sollicitatie met motivatie en een CV. Je kunt je sollicitatie versturen naar: [email protected]

Meer informatie

Voor meer informatie over deze functie kun je contact opnemen met Jesse Bruijnesteijn van de afdeling Comparative Genetics & Refinement, op het nummer 015 284 2574.

Jouw eigenschappen
  • Oog voor detail en accuraat kunnen werken
  • Goede contactuele en communicatieve eigenschappen
  • Flexibele en gedreven werkhouding
  • Positieve houding ten aanzien van ons onderzoeksprogramma
Jouw ervaring
  • Afgeronde opleiding bio-informatica op HBO-niveau of hoger, met enige jaren werkervaring;
  • Aantoonbare ervaring met grote NGS datasets, welke gegenereerd zijn met bijvoorbeeld PacBio en Oxford nanopore technieken;
  • Bedreven in programmeertalen als Python, Java en R;
  • Ervaring met data management en versiebeheer;
  • In staat zijn nieuwe computationele analysemethodes zelfstandig te ontwikkelen en te implementeren;
  • Kennis om scripts aan te passen en om potentiële innovaties te herkennen;
  • Kennis van de biologie en/of het immuunsysteem strekt tot aanbeveling;
  • Ervaring met RNA-seq data is een pre;
  • Goede beheersing van Engelse taal in woord en geschrift.
Beschikbaar bij

Comparative Genetics & Refinement,
32-40 uur/week in overleg