Bio-informaticus

Dutch

BPRC is een wetenschappelijk instituut dat onderzoek verricht met als doel een bijdrage te leveren aan de ontwikkeling van nieuwe medicijnen voor levensbedreigende ziektes in de mens en alternatieven voor dierproeven. Op onze website is te lezen welke onderwerpen onze speciale aandacht hebben en hoe wij ons onderzoek verrichten.

Wij hebben binnen BPRC ruimte voor een gedreven

Bio-informaticus

Onze afdeling Comparative Genetics & Refinement brengt complexe genomische regio’s van het immuunsysteem in kaart ter verfijning van biomedische modellen. De enorme variatie in deze specifieke gen clusters, zoals het MHC, wordt bestudeerd op het niveau van het genoom, epigenoom en transcriptoom.

De snelle ontwikkeling van sequencing platforms (PacBio, ONT) zorgt voor een grote productie van ruwe data. Om complexe biologische vragen te doorgronden vanuit grote NGS datasets is een gestroomlijnde data analyse nodig. Toegepaste scripts en analyse pipelines zijn hierbij vereist om de juiste conclusies te kunnen trekken, en deze te verwerken in tekst en figuur.

Het beleid van BPRC richt zich op kwaliteit en duurzame excellentie, waarbij het gebruik van proefdieren zo veel mogelijk wordt beperkt. Dit vraagt om een efficiënte manier van dataverwerking om zoveel mogelijk informatie te verwerven uit de verkregen ruwe data. Daarmee zul je als bio-informaticus bijdragen aan het onderzoek dat op de afdeling wordt verricht, hetgeen resulteert in de verfijning van onderzoek met proefdieren.

Je komt terecht in een groep van ervaren onderzoeksanalisten en wetenschappers, die onder leiding van Prof. Dr. Bontrop de laboratorium en analyse werkzaamheden uitvoeren. Als bio-informaticus zal jij het team versterken om de verworven data optimaler te analyseren en draag je bij aan academische publicaties.

Je zal o.a. de volgende werkzaamheden in je pakket hebben
  • Het analyseren, verwerken en efficiënt opslaan van grote NGS datasets;
  • Het ontwikkelen en implementeren van de benodigde tools voor de data-analyse, waar nodig in samenspraak met de IT-afdeling;
  • Het vertalen en visualiseren van deze grote datasets in ‘state of the art’ figuren;
  • Het bijdragen aan de ontwikkeling van afdelingsmedewerkers door hen in te werken op de beschikbare software tools;
  • Het vormgeven en uitvoeren van eigen ideeën en projecten;
  • Het bijdragen aan wetenschappelijke rapportages en publicaties van de onderzoeksgegevens in samenwerking met collega’s.
Wat we je bieden

Een zelfstandige en veelzijdige plek in een uitdagende omgeving met een diversiteit aan fijne collega’s.

Wil je solliciteren?

Ben je geïnteresseerd in deze functie? Dan ontvangen wij graag jouw sollicitatie met motivatie en een CV. Je kunt je sollicitatie versturen naar: [email protected]

Meer informatie

Voor meer informatie over deze functie kun je contact opnemen met Jesse Bruijnesteijn van de afdeling Comparative Genetics & Refinement, op het nummer 015 284 2574.

 

Jouw eigenschappen
  • Oog voor detail en accuraat kunnen werken;
  • Goede contactuele en communicatieve eigenschappen;
  • Flexibele en gedreven werkhouding;
  • Positieve houding ten aanzien van ons onderzoeksprogramma.
Jouw ervaring
  • Afgeronde opleiding bio-informatica op HBO-niveau of hoger, preferentieel met enige jaren werkervaring;
  • Aantoonbare ervaring met grote NGS datasets, bij voorkeur gegenereerd met PacBio en Oxford Nanopore Technologies sequencing platforms;
  • Bedreven in programmeertalen als Python en R;
  • Ervaring met datamanagement en versiebeheer;
  • In staat zijn nieuwe computationele analysemethodes zelfstandig te ontwikkelen en te implementeren;
  • Kennis om scripts aan te passen en om potentiële innovaties te herkennen;
  • Kennis van (moleculaire) biologie en/of het immuunsysteem strekt tot aanbeveling;
  • Ervaring met RNA-seq data is een pre;
  • Goede beheersing van Engelse taal in woord en schrift.
Beschikbaar bij

Comparative Genetics & Refinement,
32-40 uur/week in overleg