Het is al langer bekend dat bacteriën die aanwezig zijn in ons maag-darmstelsel van invloed zijn op gezondheid en ziekte. Meer recent is duidelijk geworden dat ook virussen die ons maag-darmstelsel bevolken (het viroom) in verband gebracht kunnen worden met gezondheid en ziekte.
Er is nog weinig bekend over de samenstelling van het viroom van het gehele maag-darmstelsel. Wetenschappers van de Universiteit van Cork hebben nu in samenwerking met onderzoekers van BPRC de virussen die aanwezig zijn in het maag-darmstelsel van twee belangrijke zoogdiersoorten, nl. apen en varkens, in kaart gebracht.
Nieuwe technologieën
Het totaal aan virussen wordt ook wel viroom genoemd. Vroeger zou een gedetailleerde analyse van de aanwezigheid van vele verschillende virussen vrijwel onmogelijk geweest zijn omdat elk monster apart gekweekt zou moeten worden om te kunnen analyseren. Tegenwoordig is meer mogelijk. Met de huidige DNA-sequentie analyses kunnen we alle virussen die in een stukje orgaan aanwezig zijn tegelijk analyseren en identificeren. Dit wordt ook wel een metagenoom analyse genoemd.
De resultaten
Door monsters te nemen van verschillende locaties in het maag-darmstelsel, kon met behulp van een metagenoom analyse worden bepaald welke virussen daar aanwezig zijn. De resultaten laten zien dat de samenstelling van het viroom van het maag-darm stelsel afhankelijk is van zowel de locatie als de diersoort. Zo is in beide diersoorten een aantal virussen sterk ondervertegenwoordigd in het laatste deel van de dikke darm in vergelijking met de overige delen van het maag-darmstelsel. Daarentegen zijn andere virussen in gelijke mate aanwezig vanaf de mondholte tot en met het laatste deel van de dikke darm.
Een bron van informatie
Deze uitgebreide dataset over het viroom en de bijbehorende methodologie voor de bepalingen zijn een belangrijke bron voor verder onderzoek naar de aanwezigheid van virussen op verschillende locaties van het maag-darmstelsel van zoogdieren en de betrokkenheid van deze virussen bij gezondheid en ziekte. De resultaten zijn gepubliceerd in het toonaangevende tijdschrift Nature Microbiology.