Een belangrijke groep eiwitten van het immuunsysteem zijn de MHC klasse II moleculen. Deze moleculen zijn aanwezig op de buitenkant van bepaalde immuuncellen en zijn essentieel voor de herkenning van ziekteverwekkers en het activeren van het afweersysteem. De genetische diversiteit binnen MHC klasse II is groot, wat kan zorgen voor verschillende immuunreacties tussen individuen en populaties.